La prueba molecular RT-PCR que detecta SARS-CoV-2 permite diagnosticar COVID-19 y se ha constituido en la prueba reconocida como el estándar actual por su capacidad para detectar el material genético que caracteriza al virus. Sin embargo en la práctica diaria para los profesionales de la salud se ha vuelto en varios de los casos COVID-19 un problema, debido a que un porcentaje de los pacientes que tienen los síntomas dan resultado negativo, lo que genera en primer instancia la duda en el medico tratante y sobretodo en el paciente. Lo peligroso es que en muchos casos desvía la atención hacia otras enfermedades o bien favorece la demora de la atención medica que muchas veces ha conducido a pacientes de alto riesgo a llegar a atención hospitalaria en un estado crítico o con la enfermedad COVID-19 ya avanzada, debido a que se confiaron por un resultado negativo de una prueba molecular de laboratorio.
Los profesionales del laboratorio hemos tenido que estar buscando las posibles causas que están generando estos casos de falsos negativos y hemos iniciado comunicación permanente con los médicos para que tengan en consideración esta posibilidad y si la prueba les da negativa pero el paciente tiene la sintomatología se apoyen en otras pruebas del laboratorio o estudios radiológicos y de ser posible que inicien terapia profiláctica.
En varias fuentes recientes se ha descrito que las pruebas de diagnóstico para el nuevo coronavirus pueden dar resultados falsos negativos aproximadamente del 27 al 30% de los pacientes que se les tomo una muestra de hisopado nasal.
En una de las primeras fuentes referidas el Dr. Harlan M. Krumholz, profesor de medicina en la Universidad de Yale y director del Centro de Investigación de Resultados del Hospital Yale New Haven, escribió un artículo de opinión en The New York Times donde él citaba «Desafortunadamente, tenemos muy pocos datos públicos sobre la tasa de falsos negativos para estas pruebas en la práctica clínica». También se refería que la investigación preliminar de China sugería que el tipo más común de prueba COVID-19, conocida como prueba de reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR), podía dar resultados falsos negativos aproximadamente en el 30% de los casos. Reconocía que la investigación china aún no había sido revisada por pares, pero anecdóticamente, los colegas de Krumholz habian expresado su preocupación de que la tasa de falsos negativos pudiera ser aún mayor en los Estados Unidos.
Por lo anterior en su oportunidad la IFCC (Federación Internacional de Quimica Clinica) publicó una de las primeras referencias donde se reportó un 27 % de falsos negativos (63% positividad) en muestras de hisopado nasofaríngeo basados en un articulo de JAMA realizado en tres hospitales.
También en The Boston Globe el Dr. Alain Chaoui, jefe de Congenial Healthcare, que realiza práctica medica con 50,000 pacientes en cinco ubicaciones en Massachusetts dijo «Muchos de mis pacientes que tienen síntomas, que clínicamente creo que tienen COVID-19, están dando resultados negativos».
Los británicos también refieren y se cita en The Guardian que el 29% de los casos han dado un resultado falso negativo. Por último los españoles en un articulo preimpreso y pendiente de revisión por pares en su conclusión refieren un 29 % de falsos negativos.
Cómo podemos explicar o entender lo que nos esta ocurriendo en esta prueba que es reconocida por su especificidad y su capacidad inequívoca de detectar secuencias especificas del material genético del virus, pero que en la practica nos esta generando este porcentaje de falsos negativos. Revisando varias fuentes y en mi experiencia en pruebas de biología molecular existen tres posibles puntos críticos en el proceso que podrían generar esta problemática con mayor frecuencia.
- La toma de muestra.- Las pruebas de RT-PCR funcionan al detectar fragmentos de material genético viral presente en la mucosidad, la saliva y las células del paciente en la parte posterior de su cavidad nasofaríngea, donde la nariz se encuentra con la garganta. Los profesionales de la salud recolectamos muestras de pacientes usando un hisopo largo y delgado, durante este paso es muy probable que no alcancemos a recolectar la cantidad suficiente de material viral, ya sea por el proceso de muestreo o bien que el paciente no este generando una carga viral suficiente que se acumule en esta cavidad.
- La preservación o transporte de la muestras.- Pocos laboratorios tienen la capacidad de realizar esta prueba, por lo que muchos deben recurrir a la subcontratación, proceso que involucra preservación y transporte de la muestra en condiciones que garanticen la integridad del material genético. Este ha sido un punto débil en muchas organizaciones donde se debe considerar la temperatura de transporte, el tiempo de preservación y los contenedores libres de RNAsas que son enzimas que degradan el ARN. Estas enzimas son extremadamente resistentes, se refiere que incluso a la autoclave y a la irradiación.
- El proceso de extracción y purificación del ARN en el laboratorio.- Hay una variedad de técnicas y reactivos para realizar una extracción y purificación del ARN que de inicio es material genético muy lábil y vaya que lo sabemos los que estudiamos estas técnicas en la Universidad. También hay que considerar que este paso muchas veces no esta automatizado, además de que los laboratorios que cuentan con su área de biología molecular no estaban preparados para los volúmenes que generó esta pandemia.
Por lo anterior que nuevamente los laboratorios nos enfrentamos a la importancia que la fase preanalítica tiene en el proceso en general. Sin dejar a un lado la variabilidad que existe en los pacientes en cuanto a la cantidad de material genético del virus que acumulan en su cavidad nasofaríngea.
La conclusión sería que aunque la prueba molecular es el estándar más confiable para diagnosticar la enfermedad COVID-19, esta se ve influenciada de manera determinante por factores de la fase preanalítica en un porcentaje relevante. Nuestro compromiso será sensibilizar y apoyar al área medica para que consideren esta realidad que estamos viviendo y apoyarse en otras pruebas y técnicas que le permitan dar atención oportuna a los pacientes con sintomatología COVID-19.
Pruebas de laboratorio de utilidad en COVID-19
REFERENCIAS
https://www.livescience.com/covid19-coronavirus-tests-false-negatives.html
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.16.20066787v1.full.pdf+html